J. R. Lacadena, J. A. Esteban, B. dePascual
422
separadaspor el valordedt. La fuerza total decadapartículaenel tiempo
t
(quese
asumequees constante) se calcula como la sumavectorial de las interacciones con
los demás átomos y sedeterminamediante laderivadade la energíapotencial con
respectoa las coordenadas:
(
10)
Apartir de las fuerzas se puede determinar la aceleraciónde los átomos de
modo que, conociendo sus posiciones y velocidades a tiempo
t
, podemos calcular
susposicionesyvelocidadesen lasiguiente fracciónde tiempo,
t
+
dt
.
Este proceso se repite sucesivamente para generar la trayectoria completa
para todos losátomosdel sistema.
Los algoritmos empleados enMDpara generar las trayectorias asumenque
laspropiedadesdeestas sepuedenaproximarmedianteseriesdeTaylor:
(
11)
donde
v
es la velocidad (primera derivada de las posiciones con respecto al
tiempo),
a
es laaceleración(segundaderivada),
c
es la terceraderivada, etc.
Estas ecuaciones se integranmediante el algoritmo de Verlet(24), que usa
lasposiciones yaceleraciones a tiempo
t
y lasposiciones en laetapaprevia,
x
(
t-‐dt
),
paracalcular lasnuevasposicionesa
t
+d
t
,
x
(
t
+d).
El tiempo de integración dt elegido es de vital importancia ya que si es
demasiado pequeño la trayectoria apenas cubrirá una parte de todo el espacio
conformacional, mientras que si es demasiado grande puede provocar
inestabilidades debidas a solapamientos energéticos entre átomos. Los
movimientosdemayor frecuencia sonaquellosque correspondena lavibraciónde
los enlaces con hidrógenos. Se sabe que estas vibraciones ocurren en la escala del
femtosegundo (fs) y su inclusión en el cálculo no haríamás que añadir una carga
computacional extra innecesaria ya que no influyen en el movimiento global del
