Sesión científicaPremiosNobel 2013
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considerados en el modelo (como el solvente acuoso o la membrana celular),
tomando valor unidad cuando todos estos efectos se consideran de manera
explícita. La optimización de su valor en cálculos referidos a proteínas es motivo
de continuas revisiones. Una aproximación generalizada es asignar valores de e
dependientesde ladistancia
r
ij
.
Es necesario tener en cuenta los términos de repulsión y atracción de la
funcióndevanderWaals, lacual evalúa la interacciónnoelectrostáticaentrepares
deátomosnoenlazados. Estos términosvienenrepresentadospor las constantes
A
y
B
.
6 12
) ,(
ij
ij
ij
ij
ji
vdW
r
B
r
A
V
=
(
5)
Estos valores se obtienen empíricamente para cada tipo de átomo
interaccionando consigomismo (
A
ij
y
B
ij
). Los valores para cada par
ij
se obtienen
mediante la media geométrica
jj
ij
ij
AA A
·
=
(y de manera análoga para B). La
formulación de la ecuación 5 recibe el nombre de potencial de Lennard-‐Jones
aunque existenotras formas alternativas de formular la funciónde vanderWaals,
basándoseenvariacionesenel valorde losexponentesde los términos
r
ij
.
Los términos electrostático (
V
el
) y de vanderWaals (
V
vdW
) se calculanpara
cada par de átomos no enlazados que se encuentren a una distancia rmenor que
una distancia de corte
r
cut-‐off
. Esta aproximación se utiliza para ahorrar tiempo de
cálculo, ya que si no, habría que evaluar N
2
interacciones (siendoN el número de
átomos del sistema). Es posible evaluar la interacción electrostática cuando
r>r
cut-‐
off
en un tiempo razonable de tiempo, como por ejemplomediante el método
local
reactionfield
.(16)
Se asume que los enlaces entre átomos son flexibles alrededor de unas
distancias de equilibrio (
r
0
), de forma que pueden vibrar como lo hace unmuelle.
Estavibraciónserepresentamedianteunpotencial harmónicocuadráticodel tipo:
2
)
(
o
r
enlace
r rk
V
− =
(
6)
Estepotencial cumple estrictamente la leydeHooke.
k
r
es una constantede
fuerza definida para cada par de tipos de átomo (
ij
) que puedan estar enlazados, y
r
0
ladistanciadeequilibriodel enlace
ij
.
De forma análoga, el ángulo q que forma cada par de enlaces contiguo
tambiénpuedevariaralrededordeunvalordeequilibrioq
0
, siendo laconstantede
fuerzak
q
:
2
0
)
(
θ
θ
θ
− =
k
V
ángulo
(
